Bonjour à tous,

Nous avons le plaisir d’organiser notre premier groupe de discussion de 2019, le Mardi 26 mars, Analyse RNAseq par le k-mer : de la quantification ponctuelle de signatures vers une exploitation à large échelle des données RNAseq (plus d'informations ci-dessous) présenté par Sebastien Riquier, aura lieu de 12h à 14h dans la salle habituelle :

Salle C707
Institut de Biologie Paris Seine (IBPS),
Sorbonne Université
Campus Pierre et Marie Curie
7-9 quai Saint Bernard
75005 Paris

Résumé :

L’accumulation des données RNAseq au sein des bases de données publiques à donné lieu à un accroissement explosif des données disponibles dont l’analyse par les moyens classique est gourmande en ressources informatiques, d’où la nécessité de trouver des moyens d’exploiter et utiliser ces données de la manière la plus avantageuse et optimisée possible.

Le k-mer définit une courte séquence biologique de taille k. En décomposant les séquences des transcrits en plusieurs k-mers, la recherche et la quantification d’un k-mer directement dans une donnée RNAseq brute permet une quantification exploratoire rapide d’une signature d’intérêt (gène, transcrit). Cependant ceci est possible uniquement si le k-mer est spécifique à cette signature.

Dans un premier temps nous allons, à travers les critères de fonctionnement de notre outil Kmerator.jl, aborder les critères sur lesquels se base l’élaboration d’un K-mer spécifique, ainsi que les avantages et inconvénients de l’utilisation de cette encyclopédie de K-mers pour la quantification.

Enfin, nous allons voir que la recherche de certaines signatures grâce aux k-mer spécifiques permet de prédire les caractéristiques de base (orientation, type de librairie, contamination) d’une donnée RNAseq publique sans avoir recours aux indications des auteurs, ce qui contribue à l’ouverture d’une utilisation plus transparente et fiable des bases de données RNAseq publiques.

Vous pouvez aussi retrouver nos événements sur le site du réseau : http://biosys-su.fr/evenements-biosys/.

Bien amicalement,

Le réseau de Biologie des systèmes